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許多凈化微生物實(shí)驗(yàn)室存在嚴(yán)重的污染問題，而其中又以廢液廢品的處理為最，大部分實(shí)驗(yàn)室在進(jìn)行生物實(shí)驗(yàn)過程中產(chǎn)生的大量高濃度含有害微生物的培養(yǎng)液、培養(yǎng)基，未經(jīng)適當(dāng)?shù)臏缇幚矶苯油馀?，而且許多實(shí)驗(yàn)室的下水道與附近居民的下水道相通，污染物通過下水道形成交叉污染，最后流入河中或者滲入地下，時(shí)間長了將造成不可估量的危害。

由于目前雖然國家環(huán)?？偩謱⒏黝悓?shí)驗(yàn)室納入環(huán)保監(jiān)管范圍，但是許多實(shí)驗(yàn)室仍然處于監(jiān)控真空狀態(tài)，缺乏規(guī)章制度、缺乏實(shí)驗(yàn)室污染控制的經(jīng)費(fèi)投入、缺乏對實(shí)驗(yàn)室的監(jiān)管等各種原因?qū)е铝藢?shí)驗(yàn)室成為了污染源，對環(huán)境造成了威脅，這些種種都需要社會(huì)各界的共同關(guān)注。

凈化微生物實(shí)驗(yàn)室產(chǎn)生的廢液污染主要是化學(xué)性污染和生物性污染，另外還有放射性污染，化學(xué)性污染包括有機(jī)物污染和無機(jī)物污染。有機(jī)物污染主要是有機(jī)試劑污染和有機(jī)樣品污染。在大多數(shù)情況下，實(shí)驗(yàn)室中的有機(jī)試劑并不直接參與發(fā)生反應(yīng)，僅僅起溶劑作用，因此消耗的有機(jī)試劑以各種形式排放到周邊的環(huán)境中，排放總量大致就相當(dāng)于試劑的消耗量。日復(fù)一日，年復(fù)一年，排放量十分可觀。有機(jī)樣品污染包括一些劇毒的有機(jī)樣品，如農(nóng)藥、苯并(α)芘、黃曲霉毒素、亞硝胺等。無機(jī)物污染有強(qiáng)酸、強(qiáng)堿的污染，重金屬污染，氰化物污染等。其中汞、砷、鉛、鎘、鉻等重金屬的毒性不僅強(qiáng)，且有在人體中有蓄積性。

生物性污染包括生物廢棄物污染和生物細(xì)菌毒素污染。生物廢棄物有檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室的標(biāo)本，如血液、尿、糞便、痰液和嘔吐物等；檢驗(yàn)用品，如實(shí)驗(yàn)器材、細(xì)菌培養(yǎng)基和細(xì)菌陽性標(biāo)本等。凈化微生物實(shí)驗(yàn)室的通風(fēng)設(shè)備設(shè)計(jì)不完善或?qū)嶒?yàn)過程個(gè)人安全保護(hù)漏洞，會(huì)使生物細(xì)菌毒素?cái)U(kuò)散傳播，帶來污染，甚至帶來嚴(yán)重不良后果。2003年非典流行肆虐后，許多凈化微生物實(shí)驗(yàn)室加強(qiáng)對SAS病毒的研究，之后報(bào)道的非典感染者，多是科研工作者在實(shí)驗(yàn)室研究時(shí)被感染的。

在對這些污染處理的時(shí)候，需要注意以下幾個(gè)方面：

廢液的濃度超過規(guī)定的濃度時(shí)，必須進(jìn)行處理。但處理設(shè)施比較齊全時(shí)，往往把廢液的處理濃度限制放寬。

最好先將廢液分別處理，如果是貯存后一并處理時(shí)，雖然其處理方法將有所不同，但原則上要將可以統(tǒng)一處理的各種化合物收集后進(jìn)行處理。

處理含有絡(luò)離子、螯合物之類的廢液時(shí)，如果有干擾成份存在，要把含有這些成份的廢液另外收集。

下面所列的廢液不能互相混合：

①過氧化物與有機(jī)物；②氰化物、硫化物、次氯酸鹽與酸；③鹽酸、氫氟酸等揮發(fā)性酸與不揮發(fā)性酸；④濃硫酸、磺酸、羥基酸、聚磷酸等酸類與其它的酸；⑤銨鹽、揮發(fā)性胺與堿。

要選擇沒有破損及不會(huì)被廢液腐蝕的容器進(jìn)行收集。將所收集的廢液的成份及含量，貼上明顯的標(biāo)簽，并置于安全的地點(diǎn)保存。特別是毒性大的廢液，尤要十分注意。

對硫醇、胺等會(huì)發(fā)出臭味的廢液和會(huì)發(fā)生氰、磷化氫等有毒氣體的廢液，以及易燃性大的二硫化碳、乙醚之類廢液，要把它加以適當(dāng)?shù)奶幚?，防止泄漏，并?yīng)盡快進(jìn)行處理。

含有過氧化物、硝化甘油之類爆炸性物質(zhì)的廢液，要謹(jǐn)慎地操作，并應(yīng)盡快處理。

含有放射性物質(zhì)的廢棄物，用另外的方法收集，并必須嚴(yán)格按照有關(guān)的規(guī)定，嚴(yán)防泄漏，謹(jǐn)慎地進(jìn)行處理;放射性同位素實(shí)驗(yàn)室生成的所有廢棄物、動(dòng)物尸體必須經(jīng)有效衰變并經(jīng)同位素輻射監(jiān)測合格后，才能按照一般廢棄物、動(dòng)物尸體進(jìn)行處置;有關(guān)放射性核素的實(shí)驗(yàn)操作必須在指定的同位素實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行;購買放射性核素必須向同位素實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人申請，辦理登記手續(xù)。購買、領(lǐng)取、使用、歸還放射性同位素時(shí)應(yīng)正確登記、認(rèn)真檢查，做到帳物相符.

另外在處理那些經(jīng)過或事先未經(jīng)清除污染的動(dòng)物尸體以及解剖組織或其他實(shí)驗(yàn)室廢棄物時(shí)，焚燒是一種有效的方法。只有在實(shí)驗(yàn)室可以控制焚燒爐的條件下，才能用焚燒代替高壓滅菌來處理感染性物質(zhì)。

需要有效控制溫度，并配備二級焚燒室時(shí)才能實(shí)現(xiàn)徹底焚燒。許多焚燒爐，尤其是那些只有

單個(gè)焚燒室的，不能滿足處理感染性物質(zhì)、動(dòng)物尸體和塑料制品的要求。這些材料可能不能完全銷毀，微生物、有毒化學(xué)品和煙塵還可能通過煙囪排放而污染大氣。但也有許多結(jié)構(gòu)令人滿意的焚燒室。理想的是一級焚燒室的溫度至少應(yīng)達(dá)到800℃，二級焚燒室的溫度至少應(yīng)達(dá)到1000℃。需要焚燒的材料（即使事先已清除污染）應(yīng)當(dāng)用袋子運(yùn)送到焚燒室，最好使用塑料袋。負(fù)責(zé)焚燒的工作人員應(yīng)當(dāng)接受關(guān)于如何裝載和控制溫度等的正確指導(dǎo)。還需要注明的是，焚燒爐的操作是否有效主要取決于對需要處理的廢棄物中物品的正確混合。

人們已經(jīng)關(guān)注到現(xiàn)有的或計(jì)劃制造中的焚燒爐可能對環(huán)境造成的負(fù)面影響，并正努力使焚燒爐對環(huán)境的影響更小，也更節(jié)約能源。

實(shí)驗(yàn)室和醫(yī)學(xué)廢棄物的處理要遵守各個(gè)地區(qū)、國家和國際的規(guī)定，在設(shè)計(jì)和執(zhí)行關(guān)于生物危害性廢棄物處理、運(yùn)輸和廢棄的規(guī)劃之前，必須參考最新版的相關(guān)文件。一般情況下，焚燒爐內(nèi)的灰燼可以作為普通家庭廢棄物處理并由地方有關(guān)部門運(yùn)走。高壓滅菌過的廢棄物可以在其他地方焚燒后處理，或在指定垃圾場掩埋處理。